La municipalité de Grand-Métis correspond approximativement au territoire de la Seigneurie de Mitis, concédée à Jean-Baptiste Peiras en 1675. Mais ce sont avant tout les Malécites qui occupèrent le territoire, venant pêcher l’anguille et le saumon à l’embouchure de la rivière Mitis. Les premiers habitants permanents de Grand-Métis sont John McNider et sa femme Angélique. Dans les années 1820, des colons d’origine écossaise arrivent sur le territoire, invités par monsieur McNider. Les colons canadiens-français suivront quelques années plus tard, la plupart originaires de la région de Kamouraska.

Le début de l’occupation de Grand-Métis s’est majoritairement effectué à l’embouchure de la rivière Mitis et le long du fleuve. La construction du chemin Kempt, en 1829 a alors permis la colonisation des rangs au sud du territoire. Le chemin a également eu comme effet de favoriser l’essor économique du village, qui comptait alors à l’époque, « un notaire, plusieurs marchands importants, des artisans de tous métiers, des navigateurs nombreux pour le changement et l’expédition du bois marchand, une hôtellerie, un bureau de poste et télégraphe, des charretiers et postillons en grand nombre».

Le territoire de Grand-Métis était auparavant connu sous le nom de Municipalité de Métis, qui a vu le jour en 1845 et fut abolie deux ans plus tard et dont le territoire était constitué par les actuelles municipalités de Métis-sur-Mer, Grand-Métis et Saint-Octave-de-Métis. En 1855 survient la constitution de la municipalité de la paroisse de Saint-Octave-de-Métis, dont le nom changera en 1931 pour Grand-Métis. Du territoire grand-métissien a été détaché, en 1897, le village de Petit-Métis, devenu Métis-sur-Mer. En 1908 est survenu un nouveau détachement de territoire pour créer la municipalité de Saint-Octave-de-Métis-Sud, qui prendra par la suite son appellation actuelle, soit Saint-Octave-de-Métis. La partie restante représente donc le territoire de Grand-Métis tel qu’on le connaît aujourd’hui.

Après plusieurs changements de propriétaires, ce sont les frères Price qui, à partir de 1876, exploitèrent cette partie de la seigneurie. À cette époque, Grand-Métis était un poste maritime important. Effectivement, on y retrouvait un quai à l’embouchure de la rivière Mitis, dont quelques vestiges sont toujours visibles aujourd’hui, un moulin à farine et un moulin à scie.

Plus récemment, soit en 1947, la Compagnie du pouvoir du Bas-Saint-Laurent entreprend la construction d’un second barrage et d’une centrale hydroélectrique sur la rivière Mitis, soit la centrale Mitis-2, afin de pallier à la demande grandissante en électricité que le barrage Mitis-1 n’arrivait pas à combler.

Attraits touristiques par excellence, les Jardins de Métis, situés sur le territoire grand-métissien, font partie prenante de l’histoire de la municipalité. C’est en 1926 qu’Elsie Reford entreprend la création de ces jardins, sur des terrains qu’elle hérita de son oncle, le baron Mount Stephen, alors président du Canadien Pacifique. Autrefois l’hôte d’un camp de pêche, ce vaste territoire d’environ 34 hectares devint peu à peu un jardin où l’on retrouve aujourd’hui quelques 3 000 espèces et variétés de plantes indigènes et exotiques. En 1955, Elsie Reford donne ce domaine à son fils aîné, le Brigadier Bruce Reford, qui le vend à son tour au gouvernement du Québec en 1961. Les jardins sont ouverts au public en 1962. En 1984, le gouvernement vend une partie de ce domaine à la Société d’aménagement des ressources de la rivière Mitis. En 1985, cette corporation ouvre le Centre d’interprétation du saumon atlantique. (CISA). Suite à un processus de privatisation lancé en juin 1994, le gouvernement vend les Jardins de Métis aux Amis des Jardins de Métis.

Autrefois, l’embouchure de la rivière Mitis comprenait un véritable petit village. Mais peu à peu, ce village a disparu. Lors de la construction du stationnement devant desservir les jardins, de nombreuses maisons appartenant aux familles souches de Grand-Métis sont achetées et ensuite démolies. De plus, d’importants glissements de terrain, dont celui de 1976, ont emporté une partie du village.